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Nouvelle application de la capture de séquence

23-03-13 @ 00:00
Il y a: 5 yrs

Application de la capture pour le séquençage des génomes bactériens non cultivables en vitro

Dans le cadre de l’activité de capture de séquence, le CRB GADIE a développé dans les derniers mois une nouvelle application. Il s’agit de capturer non pas des régions ciblées dans un génome d’intérêt, mais de capturer des génomes entiers de pathogènes qui ne peuvent pas être cultivés en vitro.

L’idée est celle d’extraire de l’ADN total à partir d’un échantillon biologique infecté par le pathogène (comme par exemple du sang), et en suite de préparer des librairies pour le séquençage de nouvelle génération en ciblant le génome du pathogène. Pour pouvoir utiliser ce type d’approche, il faut disposer de la séquence d’une souche déjà séquencée du même pathogène, ou d’un pathogène proche du point de vue taxonomique.

Cette approche a été décrite au départ par Melnikov et al. (2011), qui l’a utilisée pour le séquençage de certaines souches de Plasmodium falciparum à partir du sang humain infecté. Le CRB GADIE a adapté le protocole et l’a en suite appliqué au séquençage de la souche bovine d’Anaplasma phagocytophilum. Cette application a été développée dans le cadre d’une collaboration avec l’UMR BIPAR (ENVA-ANSES-UPEC)-USC INRA (Alfort).

 



  

  


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