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Atelier microarrays

Bioanalyzer 2100

Bioanalyzer 2100

Le Bioanalyzer 2100 (Agilent) est un instrument qui permet l'électrophorèse capillaire de l'ADN et de l'ARN. Il utilise des puces microfluidiques à usage unique ('Lab-On-Chip'). Cet équipement est utilisé pour les étapes de contrôle de qualité avant marquage et après marquage, et fournit une information qui est de type qualitatif. Plusieurs types de puces microfluidiques sont disponibles :

• Kits 'DNA 1000' et 'DNA 7500' : pour évaluer la qualité des ADN à concentration standard (de 0.1 à 50 ng/µl)

• Kit 'High Sensitivity DNA' : pour évaluer la qualité des ADN faiblement concentrés (de 5 à 500 pg/µl)

• Kit 'RNA 6000 Nano' : pour évaluer la qualité des ARN (25 à 500 ng/µl)

Lien :

- accéder au planing de réservation de l'instrument

 

Nanodrop 2000

Le Nanodrop 2000 est un spectrophotomètre UV visible (190 à 840nm) pour micro-volumes (0.5 µL à 2µl). Il est utilisé sur la plateforme dans le cadre de projet de puces à ADN pour :

• mesurer la concentration des acides nucléiques (ADN, ARN et ADNc) et vérifier la non contamination par des solvants et des protéines

• effectuer les contrôles qualité lors des expériences microarrays en mesurant la fréquence d'incorporation des "dyes" (Cyanine 3 et 5, Alexafluor 555 et 647 ...).

Les spécificités du Nanodrop 2000 :

• pas de dépôt en cuve ou en capillaire

• obtention des résultats en 5 secondes

 

 

Qubit 2.0

Le Qubit 2.0 (Invitrogen) est un fluorimètre qui permet de quantifier l'ADN, l'ARN et les proteines. Cet appareil est conseillé surtout pour des applications nécessitant des mesures très précises, comme par exemple dans le cas du séquançage de nouvelle génération (NGS).

 

 

Hybridations de puces Agilent

Scanner Agilent

Le scanner Agilent est un scanner à très haute résolution. Il est capable de numériser à 2, 3, 5 ou 10 microns. Il permet l’acquisition des données en fluorescence (Cy3, Cy5, Alexa 647 ou Alexa 555)

Il possède un carrousel à 48 positions (pas de contrainte de chargement) et un système de calibration interne des PMT et de la puissance des lasers qui permettent d’assurer reproductibilité et fiabilité des résultats.

Il possède de plus une dynamique range étendue à 220 (20-bits) permettant d’augmenter la sensibilité du scanner en évitant le phénomène de saturation des signaux.

Four d'hybridation

Four d'hybridation Agilent

Le four d'hybridation Agilent est un four rotatif permettant d’hybrider jusqu'à 24 lames en parallèle. Le système d’hybridation utilisé est conçu de façon à permettre la formation d’une bulle à l'intérieur de chaque réseau du microarray. La rotation de cette bulle permet la circulation de la solution d’hybridation sur la lame.

Hybridation puces Nimblegen

Speed-vac (Thermo Scientific Savant )

La capacité de séchage est de 8 plaques ou 64 microtubes (1,5 ml) suivant le rotor utilisé.

Four à UV (Stratalinker)

Il permet la fixation aux UV de l’ADN spotté sur micromembranes et lames de verre.

Station d’hybridation (Nimblegen)

La station est conçue pour hybrider jusqu’à 4 lames à la fois. Le système utilise des lamelles spéciales appelées Mixers qui permettent une circulation permanente de la solution d’hybridation sur la lame.

Rédacteur: Sylvain Marthey - Dernière modification: 08 July 2013