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Activité de biobanque

 

 

Le CRB GADIE a une expertise de quinze ans dans la conservation sécurisée des collections génomiques. Actuellement, la demande est en train d’évoluer vers un nouveau type de stockage sécurisé. En particulier, du fait de l’augmentation des capacités d’analyse et de la taille des dispositifs expérimentaux dans le secteur de la génomique, une demande croissante existe pour stocker et gérer de façon sécurisée des collections d’échantillons biologiques de valeur stratégique sur le moyen ou long terme.

Ce nouveau domaine, qui est aussi connu comme 'biobanking' ou 'activité de biobanque', est en train de se développer rapidement. En parallèle, la typologie d'échantillons stockés se diversifie de plus en plus, ce qui nécessite une expertise spécialisée. A présent, la plateforme conserve déjà environ 75 000 échantillons de sang, de lait, de tissu (par exemple, muscle et nageoires), de fèces et d'acides nucléiques.

 

Les services proposés

Le CRB GADIE dispose de 6 congélateurs -80 °C et de 2 congélateurs -40 °C dédiés aux échantillons biologiques, ce qui correspond à une capacité totale de stockage d'environ 350 000 cryotubes du volume de 2 mL. Cette capacité de stockage sera ultérieurement augmentée dans les prochaines années. Tous les congélateurs sont localisés dans la même salle et ils sont reliés à un système d’alarme spécifique. En cas de panne, ce système prévient de façon automatique le personnel d’astreinte à travers un téléphone GSM. De plus, le personnel de garde effectue une ronde quotidienne pour vérifier le bon fonctionnement de tous les appareils. Des congélateurs de secours sont également disponibles en cas de panne.

La gestion de la traçabilité des échantillons est assurée par une base de donnés (‘BARCODE’) qui a été développée en collaboration entre le CRB GADIE et la plateforme de génomique Genotoul (INRA de Toulouse). En suivant ce concepte, non seulement tous les tubes, mais aussi les boîtes et les congélateurs sont identifiés par un code à barres, ce qui permet de retrouver rapidement la localisation de l'échantillon, ainsi que toutes les informations concernant son historique, son origine et ses caractéristiques.

A la demande des utilisateurs, la plateforme peut aussi effectuer toute une série de traitements sur les échantillons, par exemple des aliquotages et des reconditionnements particuliers. Selon les différentes exigences, les tubes déjà équippés de codes à barres peuvent être aussi envoyés au laboratoires qui souhaiteraient s'en servir pour en suite préparer les échantillons à conserver dans les locaux du CRB GADIE.

 

L'évolution de l'activité

Le CRB GADIE est partenaire dans le projet d'Investissement d'Avenir 'CRB-Anim'. L’objectif de ce projet est d’intégrer et de renforcer les centres de ressources biologiques (CRB) conservant du matériel reproductif et du matériel génomique pour les espèces d’animaux domestiques élevées en France, mammifères, oiseaux, poissons et coquillages.

CRB-Anim est organisé en réseau. Il associe des organismes publics de recherche (INRA, CNRS), des établissements d’enseignement supérieur (Université de Tours, Université de Rennes I, AgroParisTech, Ecoles Nationales Vétérinaires) une fondation scientifique (FRB) et deux plateformes privées, LABOGENA et Antagene, qui hébergent des collections génomiques pour les éleveurs. Le projet répond à deux enjeux majeurs pour la science et la société: l'érosion de la biodiversité (en particulier, dans les espèces d'élevage soumises à une sélection intensive) et l'essor de la génomique, qui ouvre une ère nouvelle pour comprendre les relations entre phénotype et génotype.

Dans ce cadre, la plateforme à un rôle de CRB génomique. D'un côté, elle devra s'occuper du couplage entre les collections reproductives et génomiques déjà existantes en France et du rapatriement d'un nombre important de collections considérées d'intérêt stratégique (en total, au moins 100 000 échantillons dans les prochaines huit années). De l'autre côté, ses compétences dans le domaine seront considérablement élargies à travers le développement de  deux nouvelles activités, à savoir :

  • l'extraction automatisée des acides nucléiques
  • l'évaluation de la qualité automatisée des acides nucléiques

Ces développements technologiques seront aussi accompagnés de la mise en place de procédures standardisées de conditionnement des échantillons et d'autres innovations en termes de gestion des bases de données.

 

 

 

Rédacteur: Marco Moroldo - Dernière modification: 21 June 2013